Habaneros gehören zu den schärfsten Chilis. Die Schärfe wird durch den Stoff Capsaicin verursacht. In den Samen und Samenleisten können Konzentrationen von bis zu 1500 ppm Capsaicin vorkommen. Eine wässrige Lösung mit einer Konzentration von 0,5 ppm Capsaicin wird von den meisten Menschen bereits als scharf wahrgenommen. Die auf der Scoville-Skala gemessenen Werte für Habaneros betragen zwischen 100.000 und 500.000 Einheiten. Der Geschmack ist, abgesehen von der extremen Schärfe, tropisch-fruchtig. In Mexiko, Brasilien und Peru sind Habaneros fester Bestandteil der Küche.